En el juego, los jugadores se turnan para colocar cartas y atacar. Cada carta puede activarse de varias formas, adquiriendo capacidades ofensivas en las primeras filas de la unidad o poderes de apoyo en las últimas filas. Las cartas también se pueden jugar como órdenes: poderosos efectos de una sola vez que pueden cambiar el rumbo de la batalla.

El juego continúa hasta que el líder de cualquiera de los jugadores sea derrotado. Un juego típico es lo mejor de tres o cinco rondas.

Pixel Tactics tiene lugar en el mismo mundo y utiliza muchos de los personajes de BattleCON: War of Indines de Level 99 Games, pero su juego no tiene ninguna relación.